Oczyszczanie w przydomowej oczyszczalni ścieków, składa się z dwóch etapów:

podczyszczania beztlenowego (Zachodzi w: osadnik gnilny, ewent. separator tłuszczu), gdzie mają miejsce procesy separacji i dekantacji ścieków oraz fermentacji osadu z udziałem bakterii beztlenowych, z jego częściowym upłynnieniem

doczyszczania tlenowego (Zachodzi w: drenaż rozsączający, a w trudniejszych warunkach – filtr piaskowy pionowy, kopiec filtracyjny lub złoże biologiczne z recyrkulacją ścieków), w którym ścieki przepływające przez kolejne warstwy filtracyjne żwiru i piachu, przy udziale mikroorganizmów, tworzących tzw. błonę biologiczną,  podlegają rozkładowi w procesach biologicznego utlenienia,

Proces biologicznego oczyszczania ścieków przedstawia się następująco:

Ścieki gospodarcze, które opcjonalnie przepływają uprzednio przez separator tłuszczu oraz ścieki fekalne, wpływają do osadnika gnilnego, w którym poddawane są procesowi podczyszczania beztlenowego.
Następnie przepływają przez filtr doczyszczający wbudowany w osadnik gnilny i kierowane są dalej do strefy doczyszczania tlenowego, po czym są odprowadzone do środowiska naturalnego (grunt lub ciek wodny).

Dobór sposobu oczyszczania ścieków a tym samym typu oczyszczalni zależy od lokalnych warunków gruntowo-wodnych, topografii działki oraz charakteru i wielkości obiektu i powinien każdorazowo opierać się o analizę czynników, takich jak:

- ukształtowanie terenu
- przepuszczalność gruntu
- poziom zwierciadła wód gruntowych (pomiędzy drenażem rozsączającym a max. poziomem wód gruntowych musi być zachowana odlegość min. 150 cm)
- odległość urządzeń od obiektów budowlanych (studnia, budynek, itp.) oraz granicy działki
- zakładaną liczbę użytkowników
- możliwość zrzutu oczyszczonych ścieków - istnienie ew. powierzchniowego odbiornika ścieków (rów melioracyjny, rzeka)